CERNET创建之初，原国家教委出于对CERNET事业的战略考虑，组建了教育部CERNET领导小组、CERNET管理委员会、CERNET专家委员会（依托CERNET网络中心）的三级组织管理结构，一直延续至今，使CERNET成为高校之间团结协作的联合体，为CERNET长期稳定的发展奠定了组织管理基础。